Complejo de museo de San Pietro

La antigua Basílica de San Pietro, construida sobre Colle Caprarius (también llamada Calvario) probablemente cerca de un cementerio, es mencionada por Gregorio Magno en el siglo VI como el primer entierro de Sant'Ercolano, el mártir que defendió la ciudad de Perusa del ataque del rey de los godos Totila.

En el año 965, el monje Pietro Vincioli, nacido en una familia noble de Agello, obtuvo del obispo Onesto la autorización para crear el primer núcleo de un nuevo monasterio benedictino alrededor de la iglesia, uno de los más antiguos y prestigiosos del centro de Italia. Desde el principio, San Pietro gozó de autonomía con respecto a las jerarquías religiosas locales, ya que dependía directamente de la Iglesia de Roma, como lo confirma la bula de Gregorio VI de 1045. El poder económico y político de la comunidad benedictina creció en los siglos siguientes y alcanzó su apogeo entre los siglos XIII y XIV, cuando los abades participaron en los principales acontecimientos de la ciudad. En 1398, el abad Francesco Guidalotti participó en la conspiración que llevó al asesinato de Biordo Michelotti: este hecho marcó un primer revés para el desarrollo del monasterio que se convirtió en objeto de saqueos e incendios por parte de la población alborotada.

La unión con la congregación de Santa Giustina de Padua (Santa Justina de Pádova), que tuvo lugar el 19 de mayo de 1436 a instancias del Papa Eugenio IV, dio un nuevo impulso a la comunidad benedictina de San Pietro. Desde 1892, tras el decreto Pepoli de 1860 (que llevó a la expropiación de los bienes de los religiosos en favor del naciente estado italiano), el conjunto monumental (junto con los demás bienes muebles e inmuebles de los benedictinos) es propiedad de la Fondazione per l’Istruzione Agraria (Fundación para la Educación Agraria) que alberga no solo la comunidad monástica, sino también el Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Ambientali (Departamento de Ciencias Agrícolas, Alimentarias y Ambientales), el Centro di Ateneo per i Musei Scientifici (Centro Universitario de Museos Científicos) y el Orto Botanico (Jardín Botánico) de la Universidad de Perusa. Entre las pertenencias antiguas de la abadía benedictina (ahora propiedad de la Fundación para la Educación Agrícola), de particular importancia histórica y cultural se encuentran la Rocca di Casalina cerca de Deruta, que pasó a formar parte del patrimonio del monasterio durante el pontificado de Benedicto IX (1033-1045), y la Rocca di Sant'Apollinare cerca de Spina, cedida, en 1060 por el monasterio de Farfa, al de San Pietro.