Campanario y claustros
Complejo de museo de San Pietro
Hacia 1463 se restauró y completó el antiguo campanario del siglo XIII que, con motivo de las revueltas de la ciudad tras el asesinato de Biordo Michelotti, perdió el segundo bloque de ventanas geminadas y la parte final de la cúspide. Las obras fueron realizadas por los florentinos Puccio di Paolo y Giovanni di Betto a partir de un diseño de Bernardo Rossellino.
Durante el siglo XVI se llevaron a cabo importantes obras estructurales que involucraron tanto al monasterio como a la basílica: alrededor de los años treinta del siglo XVI se construyó el Claustro Capitular (el segundo que se encuentra) basado en un proyecto de Francesco di Guido da Settignano, caracterizado por un elegante doble bloque de arcos de medio punto en terracota y piedra arenisca y la presencia de un pozo central de 1530, obra de Galeotto di Paolo di Asís; un claustro adicional, llamado delle Stelle (el tercero), construido en 1571 por Galeazzo Alessi.
Finalmente, en 1591, el abad Giacomo da San Felice da Salò impulsó importantes obras de modernización en el interior de la iglesia que supusieron la demolición del recinto del coro y el desplazamiento de este último y el altar mayor hacia la zona del ábside. Fue el arquitecto Valentino Martelli quien dirigió las obras y también diseñó la construcción de un tercer claustro (en realidad el primero que se encuentra), que sirve de entrada a todo el conjunto, compuesto por dieciséis columnas de travertino y, en las esquinas, de cuatro columnas de granito. La construcción del claustro se inició en 1614 y la terminó el arquitecto Lorenzo Petrozzi en 1705 que construyó el piso superior.