Glockenturm und Kreuzgänge

Um 1463 wurde der antike Glockenturm aus dem 13. Jahrhundert, dessen zweites Geschoss mit Biforien sowie der Giebelabschluss anlässlich der nach der Ermordung von Biordo Michelotti aufgetretenen Unruhen in der Stadt zerstört worden waren, restauriert und ausgebaut. Die Arbeit wurde von den Florentinern Puccio di Paolo und Giovanni di Betto nach einem Entwurf von Bernardo Rossellino ausgeführt.

Während des sechzehnten Jahrhunderts wurden wichtige strukturelle Arbeiten durchgeführt, die sowohl das Kloster als auch die Basilika betrafen: Um die dreißiger Jahre des sechzehnten Jahrhunderts wurde der von Francesco di Guido da Settignano entworfene Kreuzgang des Kapitels (der zweite, dem man begegnet) errichtet, der eine elegante Doppelordnung von Rundbögen aus Terrakotta und Sandstein sowie einen Brunnen in der Mitte aufweist, der 1530 von Galeotto di Paolo da Assisi geschaffen wurde. Ein weiterer Kreuzgang (der dritte), "delle Stelle" genannt, wurde 1571 von Galeazzo Alessi erbaut; 1591 veranlasste der Abt Don Giacomo da San Felice da Salò schließlich wichtige Modernisierungsarbeiten im Inneren der Kirche, die den Abbruch der Chorumfriedung und die Verlegung des Chors und des Hochaltars in den Apsisbereich zur Folge hatten.

Die Arbeiten wurden von dem Architekten Valentino Martelli geleitet, der auch den Plan für den Bau eines dritten Kreuzgangs (eigentlich des ersten, dem man begegnet) entwarf,  der als Eingang zum gesamten Komplex dient und aus sechzehn Travertinsäulen sowie in jeder Ecke aus vier Granitsäulen besteht. Der Bau des Kreuzgangs begann 1614 und wurde erst 1705 von dem Architekten Lorenzo Petrozzi abgeschlossen, der das Obergeschoss errichtete.